يعتبر مركز مقاصة الأوراق المالية، ومركز إيداع الأوراق المالية من نظم البنية التحتية المرتبطة بشكل رئيسي بأسواق الأوراق والمشتقات المالية، وتندرج ضمن مسؤوليات هيئة السوق المالية، وهي المنظم الرئيس لهذه المراكز في القطاع لمالي. ولارتباط تلك المراكز بنظم المدفوعات في المؤسسة لتسوية عمليات الأوراق المالية فإن المؤسسة لديها دور واهتمام كبير بضمان سلامة وأمان تلك المراكز ضمن منظومة البنية التحتية التي تشرف عليها، لذا لدى المؤسسة مذكرة تعاون مع هيئة السوق المالية لتحقيق درجة عالية من التعاون والتنسيق بينهما في تعزيز الإشراف والرقابة على الجهات الخاضعة لإشرافهما كل حسب اختصاصه النظامي والتعاون في اتخاذ الإجراءات اللازمة لضمان تعزيز الاستقرار المالي.